Axceleadの
空間的トランスクリプトミクス（Visium）サービス
– 診たい組織サンプルはありませんか？ –

 

 

Visium HDについても受託サービスご提供を開始しております。ぜひお問合せ下さい 。

こんなお客様に

• 空間的トランスクリプトミクスを研究に取り入れたいが導入でお困りの場合
• 密なディスカッションや手厚いサポートをご要望の場合
• 臨床検体の解析を目的とする場合

空間的トランスクリプトミクスとは？

病理組織切片をサンプルとして網羅的な遺伝子発現情報を得ることで、組織や細胞の位置/形態情報を伴った遺伝子発現データを可視化し、様々な観点から解析できる技術です。Axceleadでは10x Genomics社のVisiumキットを用いてサービスをご提供致します。解析に用いるサンプルはヒト及びマウス^＊の未固定新鮮凍結あるいはFFPEブロックが利用可能です。Visium解析の活用場面はトランスレーショナル研究、ターゲット探索/検証、MOA解析、病態解明など様々です。
navigate_nextバイオマーカー探索への活用

^＊場合によってはその他の動物種も解析可能ですのでご相談下さい

Axceleadの強み

Visium解析に必要となる病理ならびにバイオインフォマティクスを中心とした知識技術と、その連携による提案力です。お客様の様々なご相談に対し、蓄積してきた経験と実績を活かしながら試験デザイン、研究立案の部分も含めたご提案をさせて頂いております。弊社サービスの特長上、困難な課題が持ち込まれることが多いですが、解決に導くためお客様と密に連携しながら研究を進めます。
お客様の声をぜひご覧ください。

研究の進め方や解析のイメージ

お客様との共同研究として、ヒト非小細胞性肺癌の市販FFPEサンプルを用い、バイオマーカー探索を目的としたトランスレーショナル研究の一環としてVisium解析を実施しました。Visium FFPE v1のスライドガラスは、通常病理検査に用いるものに比べ接着性が著しく低いことから、実験途中における切片の剥離脱落が課題の一つでした（現在ではFFPE v2, Visium CytAssistの導入により解決）。本研究でも準備したサンプルのうち7-8割の切片が予備的な試験で剥離してしまうという課題にぶつかったため、剥離を回避するための手法改善や試験計画の見直しなどについてお客様とディスカッションを重ねました。研究者同士が意見を出し合いながら綿密に進めた実験が結果につながった事例となりました。

データ取得後のLoupe Browserソフトウェアを用いた解析イメージ
右図において腫瘍組織の各領域が色別にクラスタリングされていることが観察できます。興味ある遺伝子発現の局在性の確認、病理学的に意義のあるスポットに絞った解析なども実施することが可能です。

FAQ

■何から始めたらいいのかわかりません。
サンプル、試験計画の準備段階からのご相談もお受け致します。「診たい」組織がありましたらまずはご相談下さい。

■どんなサンプルでも解析できますか？
骨、皮膚、脂肪組織など解析が難しいとされているサンプルがあります。それぞれ原因が異なり、条件検討と最適化によってデータが得られる可能性もあるため、まずはご相談下さい。またVisium FFPE v1では切片剥離により解析ができないケースがありましたが、本課題は現在ではVisium CytAssist（FFPE v2）の導入により解決しております。

■Visiumによる受託サービスを提供している他社との違いは？
データ取得の受託だけでなく研究全体を一貫して手厚くサポートできるのが特長です。サンプル特性や病理標本作製方法に関するご相談、研究途上でのトラブルシューティングやフィードバック、バイオインフォマティクス解析に関するご相談など、ご要望に応じて柔軟に対応させて頂きます。また、未固定組織を含む臨床検体が受け入れ可能という点も大きな特長です。その他Axceleadが提供する他の解析技術や、病態モデル及び遺伝子改変動物の活用など、別の角度からの課題解決のご提案も可能です。

■受託体制や施設設備上の特長はありますか？
臨床検体（お客様にて倫理審査で承認された検体）の受け入れ体制や、検体を安全かつ適切に取り扱うことのできる設備環境を整備しております。また、切片剥離の課題を解決するVisium CytAssistを導入しております。その他、空間的トランスクリプトミクス技術と相性の良い、シングルセル/核解析、multiplex Immunohistochemistryやin situ hybridizationを用いた発展研究が可能です。
navigate_nextシングルセル解析
navigate_nextシングル核解析

■Visiumキットで高額な費用をかけて解析を実施しましたが、思ったようなデータが得られませんでした。
お客様がお持ちの組織サンプルでVisium解析が実施可能かどうか？研究ゴールに合った解析イメージが得られるか？といった点についてもご相談下さい。最終的な解析イメージを共有しながら予備検討実験を実施し、段階的にVisium解析に進みますので、結果として費用や研究期間を効率的に使って頂くことができます

お客様の声

■予算やサンプル準備、バイオインフォマティクス解析など、様々な部分にハードルを感じていましたが、実際にご相談してみるとわかりやすく説明頂き安心しました。実験の経過報告なども頻繁に頂けたので、結果を理解しやすくなりました。（アカデミア A様）

■初めは試験価格が割高に感じましたが、隣接切片を用いて実施して頂いた病理組織学的解析結果と同時に解釈することで、データの価値が格段に向上しました。（製薬メーカー A様）

■サンプリングの方法からご相談に乗っていただき、ほぼ全てをお任せすることができました。課題にぶつかるたびに条件検討や試験の進め方をご提案頂き、結果として難易度の非常に高いサンプルを用いた解析でのデータを得ることができました。（製薬メーカー B様）

■解析条件やスケジューリングなど、シビアな要望に対応して頂き、感謝です。（アカデミア B様）

「空間的トランスクリプトミクス（Visium解析サービス）」を
動画でご紹介しています。